2021年我系农学和食品科学与工程专业参加2021年云南省第四轮本科高校专业综合评价，在热带作物与食品工程系全系教师的共同努力和通力配合下，农学专业于2022年1月8日在云南农业大学进行专业建设汇报，食品科学与工程于2022年2月25日在昆明理工大学进行专业建设汇报，两专业主动申请实地考察。根据2022年全省本科高校专业建设推进会会议通报和2022年云南省高等学校本科专业综合评价结果，学校2021年参与评价的共77个专业，其中热带作物学院农学专业评价结果为C，食品科学与工程专业评价结果为C-。
2020年以来，系部以云南省专业综合评价结果为导向，以深化学分制改革为抓手，以办学历史和服务定位为基础，进行多次专业建设和学科发展的调研，提出“三棵树、一颗药”的特色、优势专业优化调整及建设思路。2021年，经过专业撤销和优化调整，实现专业总数的整体压缩和专业建设布局的优化，保留农学、食品科学与工程和林学（新增专业）三个专业。
