为落实《云南省重点实验室管理办法》，实验室实行“学术委员会决策—管理委员会执行—研究室落实”的三级治理架构，形成“学术导向、行政协同、目标明晰、运转高效”的管理体制。

（1）学术委员会  
       由省内外咖啡科技领域9名知名专家组成，作为实验室最高学术决策与咨询机构，负责审议研究方向、重大学术活动、人才评价及成果认定等事项。  
（2）实验室管理委员会  
       设实验室主任1名（全面负责战略规划、资源整合与对外合作），副主任2名（分别分管科研创新、条件建设与成果转化）。实验室管理委员会对学术委员会负责，定期汇报工作并接受评议。
       下设综合管理办公室，设办公室主任1名。负责日常运行管理、协调各研究室工作、落实学术委员会和管理委员会决议。具体包括：制定实验室近期发展计划与远期战略规划；统筹实验室基础设施建设、设备运维及日常行政事务；组织科研团队开展项目申报、课题攻关及成果申报工作；负责实验室年度预算编制、经费使用监管及财务核算等工作，为实验室可持续发展提供全方位支持。

（3）研究方向与研究室设置  
       围绕实验室目标任务，布局五大研究方向：
      ① 咖啡资源与育种  
      ② 咖啡栽培与生态  
      ③ 咖啡病虫害防控  
      ④ 咖啡加工及工程技术  
      ⑤ 咖啡副产物开发与应用  
       对应设立5个研究室，实行“研究方向带头人+科研团队”模式，带头人负责本方向学术规划、重大课题组织和人才培养。